Повторюсь, я не специалист, но у американцев хватает специалистов, которые над этой проблемой наверняка не один десяток лет думали. Скажем, о наличии на боеголовках МБР опции dial-a-yield, как на бомбах, ничего не пишут, но по мере роста точности её вполне могли туда и добавить.
Ну и + пока через облако не могут пролететь боеголовки, взлетающая ракета через него не пролетит тем более, так что вариант уничтожать шахты по очереди вполне себе остаётся.